De fiscale eenheid kent als belangrijk voordeel dat de deelnemers geen btw betalen over onderlinge leveringen. Dit is voordelig als zonder fiscale eenheid de btw bij de koper niet (volledig) aftrekbaar zou zijn, bijvoorbeeld omdat deze onderneming vrijgestelde prestaties verricht. Ook hoeft er maar één btw-aangifte te worden gedaan. Een nadeel is dat alle deelnemers hoofdelijk aansprakelijk zijn voor de door de fiscale eenheid te betalen btw.
Onlangs moest de rechtbank Zeeland-West-Brabant oordelen of een geschillenregeling een fiscale eenheid voor de btw tussen bedrijven in de weg kan staan. In de berechte zaak ging het om een stichting die 51% van de aandelen en het stemrecht bezat in een bv. Een meerderheid dus, maar die werd beperkt door een ingestelde geschillenregeling.
Bepaald was dat bij geschillen tussen de stichting en de bv die de overige aandelen bezat, een geschillencommissie werd ingesteld om deze geschillen te beslechten. De geschillencommissie bestond uit drie arbiters, waarvan beide aandeelhouders er één mochten benoemen. Beide gekozen arbiters mochten samen de derde arbiter benoemen.
Volgens de rechtbank volgde uit de gekozen constructie inzake geschillenbeslechting dat de ene aandeelhouder niet aan de andere zijn wil kon opleggen bij belangrijke beslissingen. Dit betekende dat er geen sprake was van financiële verwevenheid en dat er dus ook geen fiscale eenheid gevormd kon worden. De naheffingsaanslag voor de btw die hierop gebaseerd was, bleef dan ook in stand.